Inspektorat Kota Kotamobagu mempunyai tugas pokok melakukan pengawasan umum terhadap pelaksanaan Pemerintahan, Penyelenggaraaan Pemerintahan Daerah, Pembinaan Masyarakat di lingkungan Pemerintah Daerah, Kecamatan, Kelurahan, dan Desa.

Inspektorat Kota Kotamobagu mempunyai fungsi sebagai berikut:

1. Merumuskan kebijakan teknis di bidang pengawasan,
2. Menyelenggarakan kegiatan pemeriksaan terhadap tugas pemerintah daerah kota yang meliputi pemerintahan, organisasi, keuangan, perlengkapan dan peralatan badan usaha daerah, pembangunan, kesatuan bangsa dan politik serta perlindungan masyarakat, perekonomian daerah dan kesejahteraan masyarakat,
3. Pengujian dan penilaian kebenaran laporan berkala atau sewaktu–waktu dari setiap perangkat daerah,
4. Pengusutan dan penilaian kebenaran laporan berkala dan setiap perangkat daerah,
5. Pengusutan mengenai kebenaran atau pengaduan tentang penyimpangan atau penyalahgunaan tugas perangkat daerah,
6. Pembinaan tenaga fungsional pengawasan di lingkungan Inspektorat,
7. Evaluasi dan pelaporan pelaksanaan tugas,
8. Melaksanakan tugas lain yang diberikan oleh atasan.